Le monastère est fondé au cours du-XIIe siècle, entre 1114 et 1117 dans un lieu désert. Il comprend à ses débuts des religieux et des religieuses, comme le rappelle une déclaration de 1668. Les généreux protecteurs ne manquent pas : en 1249, Raymond VII, comte de Toulouse, fait don de « dix mille marcs sterling en oeuvres pies » à divers établissements, une centaine revenant à celui de Sainte-Croix ; Louis IX se distinguait lui aussi par ses gestes envers les maisons religieuses ; Bertrand de l'Ille, à la fin de sa vie, lègue sa fortune à des couvents, abbayes et monastères de Toulouse et sa province.
En 1310, une famine effroyable atteint toute la région, comme le rappelle un auteur local : « Il tomba pendant tout l'été et le printemps de cette année une si grande abondance de pluies, surtout dans le Toulousain, l'Albigeois et le diocèse de Carcassonne, qu'elles causèrent une extrême disette dans tout le pays ».Quelques décennies plus tard, c'est une peste noire qui allait « porter partout l'épouvant et la mort ».
Gustave Ducos rappelle les nombreux malheurs qui atteignirent le monastère au cours des siècles : « il fut pillé, incendié ; les églises, les dortoirs, les dépendances diverses furent anéanties ; il ne resta que quelques murailles ; les titres et actes contenus dans les archives du prieuré furent brûlés, égarés ou emportés, ainsi que les meubles et ornements de l'église ; enfin, contraints par toutes sortes de violences, religieuses et religieux durent abandonner le prieuré. »
De 1621 à 1635, les procès-verbaux des visites pastorales indiquent de nombreux abus, et un relâchement des moeurs. L'évêque doit ainsi rappeler aux religieuses de Sainte-Croix l'étroite observance des règles et les exhorter « à fuir les colloques et les entretiens des personnes étrangères qui ne viennent les voir que par manière de divertissement ».
Quelques facettes de l'histoire mouvementée de cette commune et de son monastère pour tous les passionnés de ces lieux.